Au début du XVIIème siècle la Collégiale de Montereau possédait des grandes orgues en deux corps séparés. On peut en suivre l’histoire dans les archives de la ville. Elles furent réalisées par le facteur Jacques LABBE en 1626.
Cet orgue fut remplacé en 1767 par un nouvel instrument dont la construction dura jusqu’en 1771 et fut l’œuvre du facteur Pierre CLÉMENT de Provins. Quatre ans plus tard, l’instrument fut augmenté et le buffet construit sur les plans de Pierre CLÉMENT.
L’instrument fut détruit pendant la Deuxième Guerre mondiale.
En 1964, la maison HAERPFER-ERMAN de Boulay installa dans une chapelle du bas côté sud, au niveau du sol, un orgue de 14 jeux à deux claviers et un pédalier.
Cet orgue fut déplacé dans le chœur, pour plusieurs années. Pour se faire, on enleva et stocka dans une chapelle le très beau maître-autel en bois qui date de 1723. En 2004 l’orgue a été remis dans la chapelle sud afin de dégager le chœur et la perspective sur la chapelle absidiale de la Vierge et ses vitraux. Le maître-autel en bois fut replacé dans le chœur.
La tribune de l’orgue de Pierre CLÉMENT fut détruite lors des bombardements de juin 1940. La rosace tomba sur l’orgue qui fut alors exposé aux intempéries. La tribune qui le supportait s’affaissait de plus en plus. Le buffet penchait et risquait de s’écrouler. Il faut noter que cette tribune a toujours été l’objet de crainte, car elle supportait difficilement l’instrument trop lourd. La tribune reposait sur des piliers en bois vermoulu, car peu entretenus.
En 1869 sa reconstruction fut envisagée et plusieurs projets présentés. Mais le coût et la difficulté que représentait la dépose des orgues firent que le projet fut abandonné.
La tribune était soutenue en son milieu par un pilier qui fut posé en 1759 en remplacement d’un autre qui avait certainement été posé lui-même lors de la construction de la tribune et de la pose du premier orgue. Ce pilier mal placé masquait la perspective et présentait un danger.
En 1940 les membres de la jeunesse catholique récupérèrent les tuyaux (80 % d’étain) pour les soustraire à la convoitise des Allemands qui réquisitionnaient les métaux non ferreux. Ils ne furent jamais retrouvés.
Les piliers en bois vermoulu risquaient de s’écrouler et d’entrainer la tribune. Aussi fut-elle définitivement démontée en septembre 1949. L’architecte des beaux arts, Monsieur BRAY, qui dirigea les travaux avait envisagé de reconstruire une tribune en ciment armé. Le projet ne fut pas réalisé.